Vervolgens ging hij naar Venetië, Pesaro, Urbino tot hij in Rome kwam waar hij zich voegde bij de Accademia degli Umoristi, wat leidde tot het beschermheerschap van verscheidene beroemdheden. Vier jaar later kon hij eindelijk terugkeren naar zijn thuisland dankzij de bemiddeling van een aantal belangrijke leden van de Curie en van een senator in Milaan.
In 1622 werd hij hoogleraar aan de Universiteit van Pavia en, dankzij de steun van de president van de Milanese Senaat, werd hij een jaar later lid van het Nobele College van Artsen. Ondanks zijn inzet op academisch gebied, schreef Boldoni in zijn vrije tijd ook literaire werken.
In juni 1625 keerde Boldoni terug naar Rome, op aanbeveling van de kardinaal Ubaldi uit Bologna, waarschijnlijk op zoek naar een vertrouwenspost; hoe dan ook voldeed de reis niet aan de verwachtingen. Zodoende bracht hij een gedeelte van zijn verblijf in Rome al werkend door aan de correctie van de eerste zangen van de Caduta dei Longobardi (De val van de Longobarden), waar hij aan begonnen was in Pavia. Na dit ongelukkige interval, keerde Boldoni terug in Lombardije waar hij verder werkte aan zijn gedicht om vervolgens zijn cursussen in Pavia weer te hervatten maar zonder er al teveel tijd aan te besteden, zoals hij zelf ook toegaf. Desondanks kreeg hij in 1628 de belangrijkste leerstoel filosofie aan de universiteit, die hij weg wist te kapen van zijn concurrent Nicola Sacco, al meer dan dertig jaar professor aan de universiteit.
In 1629, op aandringen van vrienden, rondde Boldoni de achtste zang van de Caduta dei Longobardi af. Dit gedicht werd later uitgegeven door zijn jongere broer, Giovanni Nicolò, in 1656, na een aantal wijzigingen.
Tussen het einde van 1628 en het begin van 1629 begon zich in Lombardije de vrees voor een invasie van de landsknechten te verspreiden, vooral vanwege de mogelijke verspreiding van de pest. Van deze periode zijn vooral belangrijk de brieven geschreven door Boldoni: het zijn er veel en de bijzonder gedetailleerde informatie, beoordelingen en berichten zullen later gebruikt worden door geleerden en door Alessandro Manzoni zelf om een beter inzicht te krijgen in de situatie in die periode. In deze brieven beschreef Boldoni het geweld van de verwoestingen aangebracht door het binnenvallende leger, het eerste vastgestelde geval van de pest dat zich voordeed in Chiuso, in de buurt van Lecco en de uitbreiding van de plaag tot Bellano, waar hij vaak verbleef in zijn villa, waar hij graag in de tuinen aan de Pioverna uitkijkend op de Orrido wandelde.
Het schijnt dat Boldoni een aantal maanden voor zijn dood de voornaamste leerstoel filosofie aan de Universiteit van Padua kreeg, in opvolging van Cesare Cremonini. In de winter van 1629 keerde hij terug naar Pavia waar hij een jaar later op 3 juli overleed, besmet met de pest door zijn kleermaker.
