Het gebouw van de oorspronkelijke kerk, gebouwd in een vorm die lijkt op de huidige lay-out, heeft tussen de veertiende en vijftiende eeuw, diverse wijzigingen en aanpassingen ondergaan. Een hiervan is de bouw van de tweede kapel, aan de rechterkant van het schip, gewijd aan de heilige Nicolaas van Tolentino en voltooid in 1739, zoals blijkt uit de inscriptie op de gedenksteen. Andere werkzaamheden werden uitgevoerd aan de binnenkant van de apsis in de 18e eeuw, aan de achthoekige vieringtoren aan het einde van de zestiende eeuw en de versiering ervan die in 1582 voltooid werd, en tot slot de klokkentoren, losstaand van het hoofdgebouw van de kerk, die waarschijnlijk in de zeventiende eeuw werd gebouwd.
De versiering van het presbyterium wordt in 1706 voltooid met de twee rollen met daarop de Mirakels van Santa Marta.
De huidige kerk staat bovenop een reeds bestaande constructie, waar ook nu nog elementen van te herkennen zijn. Het betreft een kerkje uit het begin van de veertiende eeuw waarover niet veel bekend is; men meent dat de kerk gewijd was aan Santa Maria en niet Santa Marta, zoals af te leiden valt uit een aantal documenten. De originele lay-out had ongetwijfeld een canonieke oriëntatie, dat wil zeggen met de apsis op het oosten, net als de Provost kerk. Ter bevestiging hiervan is er nog dat wat vroeger het presbyterium was, tegenwoordig de kapel van het Heilige Graf, direct links na binnenkomst. Het schip zat waar nu de eerste travee is en deze liep waarschijnlijk door tot de huidige kapel er tegenover gewijd aan Sint-Antonius van Padua. De kleine apsis heeft archaïsche architectonische kenmerken die aangeven dat de constructie niet later dan de veertiende eeuw kan zijn gebouwd: de triomfboog heeft een steekboog, het dak is een kruisgewelf dat steunt op eenvoudige stenen platen, zoals gedaan wordt voor de bouw van de triomfboog. Deze ruimte is schuin ten opzichte van de harmonieuze ontwikkeling van de huidige kerk, met negentig graden gedraaid na de veertiende-eeuwse reconstructie.