En cambio, en el informe redactado por el monseñor Alessandro Maggiolini en 1611, se indica tanto el año de constitución de la congregación, que dataría de 1387, como el de la consagración de la iglesia: 1419. Por último, en 1931, tras un nuevo análisis de las reliquias descubiertas en el cementerio del altar, salió a la luz un pequeño pergamino que atestigua la consagración de la mesa con la fecha indicada de 1532.
Iglesia de Santa Marta
Sin embargo, el edificio de la iglesia original, erigido con una forma similar a la de la planta visible hoy en día, ha sufrido, en los años comprendidos entre los siglos XIV y XV, varios cambios. Entre ellos, la construcción de la segunda capilla, en el lado derecho de la nave, dedicada a San Nicolás de Tolentino y terminada en 1739, según informa la inscripción de la lápida. Otras obras fueron el interior del ábside en el siglo XVIII, el rico tiburio octogonal a finales del siglo XVI y su rica decoración terminada en 1582 y, por último, la construcción del campanario, separado del cuerpo de la iglesia, probablemente erigido en el siglo XVII.
La decoración del presbiterio se completó en 1706 con las dos pequeñas pinturas de los Milagros de Santa Marta.
La iglesia actual se levanta sobre una importante construcción previa aún reconocible en la actualidad. Se trata de una pequeña iglesia de principios del siglo XIV de la que desconocemos la dedicación exacta. Sin embargo, se cree que no era ya la de Santa Marta sino la de Santa María de la que se tiene constancia en algunos documentos. Ciertamente, la disposición original tenía una orientación canónica, es decir, con el ábside orientado al este, exactamente igual que la iglesia. Como confirmación de ello, sobrevive lo que fue la zona presbiteral, es decir, la actual capilla del Santo Sepulcro, que se encuentra a la izquierda nada más cruzar la entrada. La pequeña nave correspondía al actual primer tramo y, con toda probabilidad, continuaba hasta la capilla opuesta, hoy dedicada a San Antonio de Padua. El pequeño ábside presenta rasgos arquitectónicos arcaicos que indican que la construcción no puede ser posterior al siglo XIV: el arco triunfal es de medio punto rebajado, la cubierta es una bóveda de crucería cuyas caídas se apoyan en simples repisas hechas con losas de piedra, al igual que la imposta del arco triunfal. Este ambiente está desajustado con respecto al desarrollo armónico de la iglesia actual, que se giró más de noventa grados tras la reconstrucción del siglo XIV.
Iglesia de Santa Marta
La fachada actual, a pesar de algunas alteraciones, conserva su forma y proporciones esbeltas, típicas de un estilo gótico maduro. El portal, en cambio, es tardío, pero a su lado se conservan vestigios de una apertura más pequeña coronada por un luneto ojival originalmente pintado al fresco con la figura de Cristo muerto. Además, un poco más arriba se pueden observar los restos de una pequeña ventana rodeada de arco rebajado de ladrillos.
Sobre el portal hay un tímpano roto coronado por una estatua del Bautista de 1589 en referencia a la agregación de la Escuela a la Archicofradía de la Basílica de Letrán en Roma. Más arriba podemos ver un gran vano de medio punto, mientras que la coronación de la fachada está marcada por una secuencia de arcos colgantes de medio punto, entrelazados formando ojivas, realizados en ladrillo y que también se repiten en la parte trasera del conjunto.
También es valiosa la decoración en estuco y al fresco de la cúpula: en los intradoses de los dos arcos se representan Profetas y Sibilas; en las pechinas, los Profetas Mayores; en el tambor, los Santos Názaro y Celso; Santa Marta y Santa María Magdalena en los segmentos de la bóveda alegorías y ángeles con los símbolos de la Pasión. Destaca también el mobiliario de madera del presbiterio y el gran armario de la sacristía, así como algunas pinturas, como la Aparición de la Virgen y el Niño a San Antonio de Padua, la Súplica de Santa Marta y María a Cristo y dos tondos que representan a San Juan Bautista y San Juan Evangelista.
En 1786, la cofradía de Santa Marta se disolvió a instancias del gobierno austríaco: la propiedad pasó a manos de particulares y la iglesia se convirtió en una filial de la parroquia que también compró los locales de la cofradía.
En su interior se conserva un precioso grupo de estatuas de madera de tamaño natural que representan la Deposición y que se atribuyen al escultor Giovanni Del Maino, que fue conocido entre 1496 y 1536.
