Además, fue responsable de numerosas publicaciones que abarcan desde la arqueología etrusca hasta la grecorromana, pasando por el Renacimiento.
Con el estallido de la Segunda Guerra Mundial, de 1942 a 1945, se encargó de fomentar y cuidar el refugio de obras de arte y obras maestras de los museos de toda Italia en el Vaticano. En particular, se ocupó del oro de Pompeya, del tesoro de San Marcos de Venecia, del Altar de Sant’Ambrogio de Milán, de los Archivos, de la Biblioteca y de los tesoros artísticos de Montecassino y de los Tesoros del Palacio del Quirinale, entre otros. De hecho, gracias a Bartolomeo, estas y otras muchas obras sobrevivieron a los bombardeos y saqueos que intentaron las fuerzas de ocupación alemanas. Como resultado de sus esfuerzos, una vez liberada la ciudad de Roma, el Lugarteniente del Reino, Umberto di Savoia, le confirió a Bartolomeo Nogara el título de Barón.
Aunque lejos de casa, Nogara también dedicó muchos estudios y artículos a los territorios del lago de Como y a los descubrimientos arqueológicos relacionados que surgieron en esos años. En particular, dedicó algunos estudios e investigaciones a las obras de restauración de la iglesia prepositural de Bellano de 1930.
Bartolomeo Nogara murió en Roma el 19 de junio de 1954.